外源控制主要是截断污染源，对点源污染、面源污染进行综合治理；内源控制则是内源污染物的清除与固化（如河道清淤等）；提升自净能力是使水系连通，维持水体流动性，恢复水体生态系统自净能力，恢复河道景观。在此基础上，要加强综合管理，建立完善的监测系统。